Tuyên ngôn Praha đã bị nhiều nhóm khác nhau phản đối. Tờ The Economist nhận định: "Nó đã thu hút được sự ủng hộ của các cơ quan như Nghị viện Châu Âu. Nhưng nó đã khiến một số, nếu không phải tất cả, các nhà hoạt động người Do Thái; các chính trị gia cánh tả (hầu hết từ Tây Âu) tức giận; và tất yếu là nước Nga."[10]

Đảng Cộng sản Hy Lạp phản đối Tuyên bố Praha và đã chỉ trích đây là "sự leo thang mới của sự cuồng loạn chống cộng do hội đồng EU, Ủy ban châu Âu và các nhân viên chính trị của giai cấp tư sản trong Nghị viện châu Âu dẫn đầu"[11] Đảng Cộng sản Anh cho rằng Tuyên bố Praha "là sự tiếp nối những nỗ lực dai dẳng của các sử gia chống Cộng nhằm đánh đồng Chủ nghĩa Cộng sản Liên Xô và Chủ nghĩa Phát xít Hitler, lặp lại những lời vu khống cũ của các tác giả người Anh như George Orwell và Robert Conquest."[12]